Start regolare di tutte le vetture schierate al via. La griglia vede Felipe Massa (Sauber) e Zsolt Baumgartner (Minardi) nelle ultime due posizioni senza tempo; l'ungherese parte dalla pit-lane. Barrichello parte dalla 15^ posizione. Allo spegnimento del semaforo Schumacher si instaura al comando seguito da Ralf Schumacher. Alla fine del primo giro sono seguiti da Button, Sato, Trulli e Webber.
Fisichella riesce a sorpassare la Renault di Villeneuve alla fine del rettilineo senza problemi. Dal fondo inizia il tentativo di recupero di Barrichello che è alle costole della Toyota di Panis. La sorpassa all'entrata della ultima chicane.
Villeneuve, in 9^ posizione, fa da tappo ad un trenino di inseguitori composto da Alonso, Raikkonen e Montoya al quale si aggrega poco dopo anche Barrichello. Il canadese fa passare il suo compagno di squadra che in poco tempo riesce ad allungare agevolmente.
Poco più avanti è lotta tra Coulthard e Webber con lo scozzese che tenta, senza riuscirci, il sorpasso.
Il gruppo Villeneuve, Raikkonen, Montoya e Barrichello è preso da una lotta serratissima e in certi frangenti le quattro monoposto viaggiano vicinissime tra loro. Tuttavia gli inseguitori non riescono ad avere la meglio su Villeneuve nonostante abbiano un ritmo sicuramente superiore.
Il giapponese Sato è il terza posizione, celebrato ad ogni passaggio dal pubblico di casa che spera in un risultato positivo.
Al 9^ giro si ferma Ralf Schumacher che in quel momento occupava la seconda posizione. Nello stesso giro si ferma anche Panis, al cui Toyota lamenta un eccessivo consumo dei pneumatici. Schumacher invece riesce a proseguire ancora al comando della gara.
Giancarlo Fisichella sorpassa la Jaguar di Webber, davanti a loro c'è Coulhard.
Dall'11° passaggio in poi altre vetture si fermano per il primo pit stop. Nelle foto si vedono Montoya, Sato, Barrichello, Schumacher, Raikkonen e Villeneuve.
Fisichella compie una escursione fuori pista per una distrazione, per fortuna riesce a riprendere senza aver danneggiato troppo la monoposto.
Button è terzo, lo precede Ralf Schumacher con la sua Williams. I primi tre sono abbastanza distanziati tra di loro; la lotta maggiore c'è nelle posizioni retrostanti.
Montoya riesce a passare Webber per la conquista dell'ottava posizione. Poca roba per il colombiano che sembra non trovarsi troppo a proprio agio. Diverso il discorso per Michael Schumacher che continua a condurre senza problemi. Dopo alcuni giri rapidi a inizio gara, controlla la situazione su tempi più tranquilli che tuttavia gli permetono di mantenere il suo vantaggio sul fratello.
Jarno Trulli è settimo e precede Montoya e Barrichello. La sua gara finora è eccellente. Del gruppo non fa più parte Webber che è entrato ai box per ritirarsi.
Montoya pressa insistentemente Trulli per qualche tornata senza riuscire nel sorpasso. Riprova ancora alla staccata dell'ultima chicane, all'interno, ma arriva lungo e Trulli lo ripassa. Ma anche Barrichello, che era dietro, riesce a sfruttare a proprio vantaggio la situazione sorpassando il colombiano in difficoltà...
...lungo il rettilineo successivo Barrichello è pure in scia di Trulli che passa in staccata senza problemi. Poco più diero Montoya non è riuscito a prendere la sufficiente velocità ed è raggiunto e superato in modo analogo da Fisichella.
Il tedesco Timo Glock, che ha sostituito alla Jordan l'italiano Giorgio Pantano, sembra fermarsi per il ritiro. Sosta per un attimo sull'erba, poi riparte.
Ralf Schumacher è ai box al 24° giro, al secondo posto c'è Sato.
Nel frattempo Trulli tiene ancora dietro Fisichella e Montoya ma al 25° passagio deve fermarsi per il suo pit-stop. Il suo ritmo per forza di cosa è inferiore a tutti quelli con cui era in lotta diretta e nel resto della gara si instaura molto più indietro.
Schumacher si ferma al box al 26° giro per la seconda delle sue tre soste previste. Anche dopo il pit-stop resta davanti indisturbato.
Sato si ferma nello stesso giro e riparte riuscendo a restare davanti alla Ferrari di Barrichello che stava sopraggiungendo.
Button è ora secondo; le B.A.R. ancora una volta sono tra le protagoniste, anche se le attese della vigilia sembravano migliori. Le due Renault comunque non sembrano in grado di contrastarle in qualche modo per la disputa del secondo posto nel mondiale costruttori. Villeneuve è ancora fuori dalla zona punti (e a fine gara non riuscirà ad entrarci), mentre Alonso corre come può con un mezzo che non sembra più quello di inizio stagione.
Soste box: Coulthard, Alonso e Button. Tutti e tre sembrano decisi per la tattica delle due sole soste.
Testacoda di Glock in uscita curva. Il tedesco, Minardi a parte, si trova in fondo al gruppo.
PAl 38° giro improvvisamente vengono inquadrati Barrichello e Coulthard che procedono lentamente e raggiungono a fatica in box. Sono vittime di una reciproca collisione in fase di attacco del brasiliano della Ferrari. Per entrambi è il ritiro e l'analisi dei commissari considera la cosa come un normale fatto di gara.
Si fermano Ralf Schumacher e Takuma Sato per la loro ultima sosta. Il pilota della Williams riesce a mantenere la posizione su Button, non è lo stesso per il giapponese che rientra in quarta posizione.
Ecco il quartetto di testa. Le due B.A.R., Ralf Schumacher e il fratello della Ferrari.
Proprio negli ultimi frangenti del GP il brasiliano Felipe Massa, che era partito dal fondo gruppo, riesce a sorpassare la Renault di Villeneuve per la 9^ posizione.
Finale scontato per il GP del Giappone. Michael Schumacher taglia vittorioso il traguardo per poi festeggiare meritatamente insieme al fratetto Ralf e a Jenson Button. La zona punti è completata da Sato, Alonso, Raikkonen, Montoya e Fisichella.