Le numerose sostituzioni di motori prima del week-end malese e durante le sessioni di prove libere e di qualificazione, hanno in parte variato lo schieramento di partenza rispetto ai tempi effettivamente fatti segnare durante le qualifiche.
Ecco l'effettivo schieramento di partenza per la second prova del mondiale 2006.

01.Fisichella (Renault)
02.Button (Honda)
03.Rosberg (Williams)
04.Webber (Williams)
05.Montoya (Mclaren)
06.Raikkonen (Mclaren)
07.Alonso (Renault)
08.Klien (Red Bull)
09.Trulli (Toyota)
10.Villeneuve (BMW Sauber)
11.Heidfeld (BMW Sauber)
12.Speed (Toro Rosso)
13.Liuzzi (Toro Rosso)
14.M.Schumacher (Ferrari)
15.Albers (Midland)
16.Monteiro (Midland)
17.Sato (Super Aguri)
18.Ide (Super Aguri)
19.R.Schumacher (Toyota)
20.Coulthard (Red Bull)
21.Barrichello (Honda)
22.Massa (Ferrari)